拖欠公司工程款的处理方式是债权人可以到人民法院起诉解决。法院判决胜诉后，拖欠方仍不支付的，再申请法院强制执行。向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
找法网提醒您，根据《民事诉讼法》第三条人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。
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第一百一十九条起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
二、拖欠工程款的诉讼时效是三年，自拖欠之日起计算。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
三、拖欠工程款的欠条应当写明以下内容：
1.标题。欠条的标题一般由文种名构成，即在正文上方中间以较大字体写上“欠条”两字。也有的在此位置写上“暂欠”或“今欠”字样作为标题，但这种标题正文则在下一行顶格写。
2.正文。欠条的正文要写清欠什么人或什么单位什么东西、数量多少，并要注明偿还的日期。
3.落款。落款要署上欠方单位名称和经手人的亲笔签名，是个人出具的欠条则需署上立欠方个人的姓名。并同时署上欠条的日期。单位的要加盖公章，个人的要加盖私章。